Origine

300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées. Dans ce nouveau monde, co-existent deux cités : Ragna, qui oeuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt. Mais le destin s'en mêle lorsque Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé par l'apparition de celle à qui le passé a confié une mission : Toola.

Un bateau de la défense japonaise est équipé du dernier système d'armement, nommé Aegis. Un membre de l'équipage, dont le fils a été tué à cause de cette arme, conspire avec l'ennemi pour pirater le bateau...